Заместителю директора по финансовым вопросам подчинялся отдел МТС и комплектации и хозяйственный отдел.
Заместителю директора по режиму и кадрам подчинялся отдел кадров и подготовки специалистов и специальный отдел.
Заместителю директора по строительству подчинялся отдел главного механика и энергетика и служба эксплуатации зданий и сооружений.
В 1986 году приказом по НПО от 12.03.1986 №НО 1-23 была утверждена очередная новая организационная структура, исправляющая и корректирующая прежде действующую структуру. Как отмечено в приказе, новая структура была одобрена научно-техническим советом НПО и советом объединения и согласована с партийной и профсоюзной организацией. Структура вводилась в действие с 1 апреля 1986 года. В качестве обоснования очередной реорганизации выдвигалось требование «своевременного и качественного выполнения заданий по созданию и развитию комплекса АСУ «Москва» научно-технической программы 0.80.02 «Создать и ввести в эксплуатацию системы автоматизации процессов производства и управления в народном хозяйстве на основе интеграции автоматизированных систем управления различного уровня, применения вычислительной техники и микропроцессорных средств» на 1986-1990 г.г., утвержденной постановлением ГКНТ СССР от 30.10.85 №555″.
Реорганизацией предусматривалось укрупнение отделений и отделов, переименование некоторых подразделений, некоторое изменение группировки подразделений и подчиненности их соответствующим заместителям директора.
Были созданы научно-исследовательские отделения «Экономика», «Система», «Наука», «Математика», «Техника». Отделения «Экономика», «Система», «Наука», «Математика» подчинялись первому заместителю директора ГлавСистем по научной работе.
В состав научно-исследовательского отделения разработки методов и систем комплексного планирования и управления экономическим и социальным развитием города (отделение «Экономика») входили отделы
НИО разработки методов системного управления городом (НИО-31),
НИО комплексного управления населением и трудовыми ресурсами (НИО-32),
НИО комплексного проектирования АСПР и отраслевых систем планирования (НИО-33),
НИО автоматизации комплексного планирования и управления капитальным строительством (НИО-34),
НИО автоматизации сводного комплексного планирования экономического и социального развития города (НИО-35),
НИО комплексного управления финансовыми ресурсами (НИО-37).
