Приближался роковой для организации и всей страны 1991 год. Предстояли серьезные изменения в экономических условиях деятельности всех предприятий страны.
Согласно принятому Закону СССР «О налогах с предприятий, объединений и организаций» должна быть изменена структура себестоимости продукции (услуг) в направлении увеличения доли составляющих затрат. Это было обусловлено планируемым повышением оптовых цен на материальные ресурсы (в среднем на 46%), увеличением норм амортизационных отчислений на полное восстановление основных производственных фондов, увеличением процента отчислений на социальное страхование (с 7% до 37%), введением в структуру себестоимости дополнительно отчислений по обязательному медицинскому страхованию, платежей по обязательному страхованию имущества. В среднем это должно было привести к возрастанию себестоимости продукции по организациям, входящим в НПО, в среднем на 30-35%. Для НИИСистем в абсолютном выражении это должно привести к росту себестоимости работ на 1,5-1,7 млн. рублей. Было подсчитано, что для того, чтобы сохранить абсолютный размер прибыли в прежнем размере в 1991 году институту необходимо было выполнить, объем работ на сумму 8,5 млн. рублей. Такое было практически невозможно. К этому времени объем централизованного заказа за счет средств городского бюджета имел устойчивую тенденцию к снижению. К 1991 году это объем не мог при самом благоприятном развитии событий превысить 2 млн. рублей. За счет прямых договоров с заказчиками институт по реалистическим оценкам способен был набрать заказов на 3-3,5 млн. рублей. Ожидаемый дефицит объемов финансирования в 1991 году составлял бы 3-3,5 млн. рублей. Это не могло не сказаться на финансовом положении института и вынуждало к проведению существенного сокращения численности сотрудников. Организация оказывалась неконкурентоспособной на формировавшемся «рынке услуг» по сравнению с множеством возникших малых предприятий, кооперативов и акционерных обществ.
В этот критический во многих отношениях период руководство НПО начало разработку проекта преобразования организации в акционерный концерн с развитой сетью малых предприятий, ориентированных на потребительский рынок. Такой концерн предполагался как негосударственная организация, основанная на коллективной собственности. Предлагалось выделить основную массу прикладных разработок из состава института в малые предприятия с последующим включением их в акционерный концерн. Расчет был на то, что создаваемым малым предприятиям будет предоставлен целый ряд налоговых льгот на прибыль и на фонды потребления. Рассматривалась также возможность выкупа организациями НПО АСУ «Москва» имеющихся основных средств в коллективную собственность.
Вряд ли разрабатываемые предложения могли способствовать сохранению организации как единого научно-производственного комплекса,
